Como en la mayoría de los municipios del país, el Colegio Departamental de Cota nace por la necesidad de los niños de tener una Institución en donde continuar sus estudios después de terminar su educación Básica Primaria en las escuelas del municipio y por el liderazgo de algunas personas que ante la situación pensaron una solución.

Vale reconocer que generalmente en eran los religiosos quienes lideraban estos procesos en las comunidades. Inicialmente, para cursar el bachillerato, los jóvenes de Cota tenían que desplazarse a los municipios cercanos. Es por esto por lo que el colegio de Cota es, en sus inicios, hacia el año de 1977 un anexo del Colegio Departamental José Joaquín Casas de Chía. Su primera sede estaba ubicada en lo que es hoy el salón se sesiones del Honorable Concejo Municipal.

Esta fue su primera aula en la cual se iniciaron las clases con el primer curso matriculado para comenzar su bachillerato. En el año de 1978 es nombrado su primer rector el Padre Santiago Miranda Talero, quien fuera también el primer coordinador.